Molti dubbi gravano ancora sugli inizi del Nuovo Regno, ma si sa che all'epoca in cui nacque Hatshepsut l'Egitto stava diventando sempre più potente. Ahmose, fondatore della XVIII dinastia e forse nonno di Hatshepsut, aveva scacciato dal regno gli Hyksos, formidabili invasori che per due secoli avevano occupato la bassa valle del Nilo.

Quando Amenhotep I, figlio di Ahmose, non riuscì ad avere un figlio maschio che gli succedesse al trono, la stirpe reale avrebbe accolto al suo interno, grazie al matrimonio con una principessa, un temibile generale di nome Thutmose. Hatshepsut era la figlia maggiore di Thutmose e della sua “grande sposa reale”, la regina Ahmose, probabile discendente diretta del re Ahmose. Thutmose, però, ebbe anche un figlio maschio da una moglie secondaria e fu proprio questi, Thutmose II, a ereditare la corona alla morte del padre. Ricorrendo a un sistema diffuso per rafforzare la stirpe, Thutmose II sposò la sorella Hatshepsut ed ebbe da lei una figlia; ma fu Iside, una sposa di secondo rango, a dargli 1'erede maschio che Hatshepsut non riuscì a partorire. Thutmose II non regnò a lungo, e quando fu ucciso da quella che, stando ad alcune TAC effettuate 3.500 anni dopo, sembrerebbe essere una cardiopatia, il suo erede Thutmose III era ancora un ragazzino. Allora, secondo un antico uso, Hatshepsut assunse il potere come reggente. Ebbe inizio così uno dei periodi più interessanti della storia d'Egitto.