Il Nilo è alimentato da tre affluenti principali: il Nilo Bianco, che nasce dal lago Vittoria, l’Atbara, il più piccolo, che si unisce al fiume sopra la quinta cateratta in territorio sudanese e il Nilo Azzurro, che ha origine dal lago Tana e che convoglia le piogge cadute nel lontano altipiano etiopico. Da Kartum, dove tutte le acque si incontrano, il fiume prende il nome di Nilo Sahariano o Nilo propriamente detto e si lancia nella sua grande impresa: attraversare la Nubia e, con una serie di sei cateratte, giungere ad Assuan da cui si immette nella sua lunga valle stretta tra i deserti, dove scorre pigro fino al Mediterraneo per 1200 chilometri trasformati in una lunga oasi. Per tutto il corso non riceve altri affluenti; ha invece un defluente, il Bahr Jussuf (Fiume o Canale di Giuseppe, navigabile), che presso Assiut si distacca dalla grande corrente per proseguire parallelo ad essa, sulla sinistra, fino alla depressione del Faiyum dove si dirama e muore. A nord del Cairo ha inizio il Delta solcato da molte diramazioni o bocche. Il loro numero è stato diversamente precisato dai geografi antichi: sembra comunque che le principali fossero cinque, chiamate, dal nome delle città adiacenti, di Canopo o di Naukratis, di Rosetta o di Sais, di Sebennito, di Mendes e di Pelusio.
Fin dalle origini, la terra del Nilo offrì un ambiente ottimale per la vita e il progresso dell’uomo. Grazie al grande fiume, in Egitto la coltivazione della terra conservò sempre una preminenza assoluta e il paese appariva come un unico enorme impianto agricolo, con potenziale produttivo, per l’epoca, altissimo. Infatti le economie dei due Egitti si integravano e agli abitanti conveniva organizzarsi in un’unica comunità, estesa da Assuan al Mediterraneo, sia per meglio sfruttare le piene con opere idrauliche, sia perché, con risorse alimentari più vaste, era più facile fronteggiare situazioni di emergenza, come il perdurare da un anno all’altro della scarsità d’acqua. Dal Nilo dipendevano anche la ricca flora spontanea e la numerosa fauna, e quindi la caccia e la pesca. Tutto questo non sarebbe stato possibile senza la grande inondazione del fiume che gli dei benefici concedevano al paese con la regolarità di un prodigio naturale. Ecco perché lo storico greco Erodoto definì efficacemente l’Egitto "dono del Nilo", anche se l’affermazione è falsa ove minimizza il lavoro umano.
Sin dai tempi più antichi, il potere centrale coordinava la realizzazione
e la manutenzione della rete di canali che consentiva di sfruttare le piene
del Nilo. Uno dei mezzi più semplici per rendere fertile un terreno
era la creazione di un bacino artificiale. Attorno a una zona raggiungibile
dalle acque del Nilo in piena si costruiva un grande argine quadrato di terra
di circa due chilometri di lato. Quando la piena, che innalzava il livello
delle acque di circa sei metri, arrivava a riempire il bacino, l’uscita
dell’acqua veniva bloccata con delle chiuse ed, in questo modo, il limo
si depositava in grande quantità sul terreno recintato. Dopo circa un
mese, quando il suolo era ormai saturo, l’acqua veniva fatta defluire
in bacini di livello minore e infine nuovamente convogliata al Nilo. Una efficiente
rete di canali raggiungeva i terreni distanti dal fiume, che le acque di piena
non erano riuscite a coprire. Squadre di agrimensori stabilivano l'orientamento
dei fossati e ne segnavano il tracciato sul terreno per mezzo di paletti e
corde. Essi inoltre delimitavano gli appezzamenti di terreno dati in uso ad
ogni bracciante e ne ridefinivano i confini dopo le inondazioni.
La flora dell'Egitto era e in parte ancora è ricchissima. Il papiro, la ninfea loto, la canna e l'acacia crescevano abbondanti nella vallata interna e nelle oasi; accanto ad esse prosperavano poi il frumento sorgo, l’orzo, il lino, parecchi ortaggi (lattuga, cipolla, aglio) e la vite, ed, ancora, la palma dum (Hyphaene thebaica) a foglie palmate e la palma da datteri (Phoenix dactilifera) a foglie pennate, il carrubo, il fico, il tamarisco e il fico sicomoro. Mancavano invece alberi d’alto fusto, adatti a fornire buon legname, e mancava l’olivo, cui sopperiva tuttavia la pianta del ricino dalla quale si estraeva olio. Quanto alla fauna, era presente a Sud l’elefante e sull’intero territorio l’ippopotamo, il ghepardo, il leone, piccole scimmie delle famiglie cercopitechi e cinocefali, il coccodrillo, una specie arcaica di pecora, capre, antilopi, gazzelle, bovidi e asini, e ancora sciacalli, gatti selvatici, lepri e iene, uccelli e pesci in gran numero e varietà, e serpenti di piccola taglia (come il cobra e varie vipere che tra le altro sono spesso ricorrenti nei geroglifici). Già intorno al 2600 a.C. parecchi di questi animali erano diffusi in varietà domestiche e selezionate (bue, asino, pecora, insieme all’oca, all’anatra e al piccione); altri, come la gallina e il cavallo, vennero importati verso il 1500 a.C. dall’Oriente. Allevate largamente in ogni epoca furono poi le api, quali fornitrici di miele e di cera.
Si noti che gli antichi egizi non conoscevano il cammello importato in epoca posteriore dagli arabi.